Можно ли посылать по электронной почте отчеты, содержащие субсидированные перевозки?

Да, можно и нужно(!), если эти перевозки оформлены не на бумажных бланках. Но при этом во вложении должны обязательно присутствовать предусмотренные правилами перевозчика копии маршрут-квитанций субсидированных перевозок и копии документов, на основании которых перевозчиком предоставлены льготы и/или скидки.